След обучението си по търговско и финансово право Валер Мутарлие практикува данъчно право в продължение на няколко години във Francis Lefebvre Bureau – френска адвокатска кантора.
След присъединяването си към Европейската комисия през 1993 г., той заема различни позиции, първоначално в Генерална дирекция „Данъчно облагане и митнически съюз“, а впоследствие и в Генерална дирекция „Бюджет“.
След като се присъединява към Генерална дирекция „Предприятия и промишленост“ през 2003 г., той оглавява отдела за стратегическо планиране, а по-късно и екипа, отговорен за създаването на Copernicus – европейската космическа програма за наблюдение на Земята.
След пет години в кабинета на европейския комисар по данъчната политика (2010–2014), той е назначен за директор „Пряко данъчно облагане, икономически анализ и оценка“ в Генерална дирекция „Данъчно облагане и митнически съюз“.
През декември 2019 г. поема ръководството на кабинета на Тиери Бретон, европейски комисар по вътрешния пазар.
От октомври 2024 г. е старши съветник в Генерална дирекция „Данъчно облагане и митнически съюз“, а през октомври 2025 г. е назначен за заместник генерален директор „Индустрия и декарбонизация“ в Генерална дирекция „Вътрешен пазар“.